Điều này không có nghĩa là Kinh điển Bắc tông khi nói về vô thường, vô ngã không nói tới khổ. Các đoạn đối thoại giữa Bụt và các thầy khất sĩ cũng giống hệt như trong kinh ở Nam tông:
- Này các vị khất sĩ, sự vật thường hay là vô thường?
- Bạch đức Thế Tôn, sự vật vô thường.
- Này các vị khất sĩ, nếu sự vật vô thường thì là khổ hay là vui?
- Bạch đức Thế Tôn, khổ.
- Này các vị khất sĩ, nếu sự vật là khổ thì ta có nên nói nó là ta hay là của ta không?
- Bạch đức Thế Tôn, không.
Tuy nhiên, chúng ta có thể chứng minh giáo lý tam pháp ấn chắc chắn là vô thường, vô ngã và niết bàn. Trong kinh tạng Bắc tông, còn Kinh Tạp A Hàm, Kinh số 262, quyển thứ mười lặp đi lặp lại năm lần công thức vô thường, vô ngã và niết bàn.
Nhất thiết hạnh vô thường
Nhất thiết pháp vô ngã
Niết bàn tịch diệt.
Ba câu đó nghĩa là đứng về phương diện thế giới hiện tượng thì ta thấy có khổ đau vì vô thường và vô ngã, nhưng đứng về phương diện bản tánh thì vẫn có vắng lặng, vẫn có bình yên. Mặt khác, tác phẩm Đại Trí Độ Luận (Mahaprajnaparamita) của thầy Long Thọ sáng tác vào khoảng thế kỷ thứ hai, sau Thiên Chúa giáng sinh, cũng nói rất rõ rằng Tam pháp ấn là vô thường, vô ngã và niết bàn.
Thật ra lý luận vì vô thường cho nên khổ, vì khổ cho nên vô ngã không đủ vững chắc, và có thể gây hiểu lầm về vô thường và vô ngã. Vô thường và vô ngã nằm ở một bình diện khác với khổ. Ví dụ như cái bàn này. Cái bàn này là thực tại. Cái bàn này là vô thường, nói vậy chúng ta hiểu được. Cái bàn này là vô ngã, đúng. Nhưng cái bàn này là khổ thì ta khó quan niệm được. Nói rằng vì vô thường cho nên khổ, vì khổ cho nên vô ngã, lý luận đó nghe không thuận. Có thể nói rằng vì sự vật vô thường và vô ngã mà chúng ta không biết, cứ cho là thường, là có ngã cho nên ta khổ, nói như vậy xuôi hơn.
Khi nghiên cứu kinh điển, ta phải dùng trí phán đoán suy xét để có thể loại bỏ những sai lầm lưu cữu trong lịch sử. Ban đầu chúng ta có Đạo Bụt Nguyên Thỉ (Original Buddhism), sau thời gian một trăm năm thì đạo Bụt ấy biến thành Đạo Bụt Bộ Phái (Multiple Schools’ Buddhism). Hai trăm năm sau khi Bụt nhập diệt, giáo đoàn phân liệt ra, tối thiểu là mười tám bộ phái, nên gọi là Đạo Bụt Bộ Phái. Hai truyền thống trong số các bộ phái đó còn để lại rất nhiều kinh điển mà chúng ta có thể so sánh, đó là truyền thống Hữu Bộ (Sarvastivada) và truyền thống Đồng Diệp Bộ (Tamrasatiya). Sau này, Đạo Bụt Đại Thừa, phát sinh vào khoảng thế kỷ thứ nhất trước công nguyên, gọi các Bộ Phái là Tiểu Thừa, và tự gọi mình là Đại Thừa. Những trường phái phân liệt ra vào khoảng từ một trăm tới ba trăm năm sau khi Bụt nhập diệt đều gọi là Đạo Bụt Bộ Phái cả. Và Đạo Bụt Bộ Phái không phải là chỉ có trong Đạo Bụt Nam Truyền, Đạo Bụt Bắc Truyền cũng có Bộ Phái, phân hệ từ thời đại vua Asoka (A Dục). Trong hai hệ phái, Hữu Bộ và Phân Biệt Thuyết Bộ, Hữu Bộ (Savastivada) truyền lên miền Bắc, vùng Kashmir, phát triển tại đó một ngàn năm. Vặn tự sử dụng trong Hữu Bộ là chữ Sanskrit. Trong khi đó, Phân Biệt Thuyết Bộ được chính thức ủng hộ, phát triển tại nơi gốc, và một phần được truyền qua Tích Lan. Đạo Bụt truyền qua Tích Lan thuộc về Đồng Diệp Bộ, bộ phái các thầy mặc áo vàng màu đồng đỏ, gọi là Xích Đồng Diệp Bộ. Sau họ bỏ tên đó, dùng tên Theravada, nghĩa là Thượng Tọa Bộ, cho có tính cách chính thống hơn.